– Det är en utmaning men samtidigt utvecklande att jobba med andra typer av yrkesmänniskor kring datahantering och skapa ett gemensamt språk. Ingenjörerna och AI-forskarna behöver förstå vad vår biologiska information består av, och vi cancerforskare måste förstå vad AI kan göra. Tillsammans bestämmer vi vilken data som är relevant och placerar all information i en ”datasjö”, säger Håkan Axelson, professor i molekylär tumörbiologi, vid Lunds universitet.
Hans forskargrupp är en del i det stora EU-finansierade KATY-projektet, som involverar tjugo partners över hela Europa. Fokus är på den vanligaste typen av njurcancer, klarcellig njurcancer, som är en av de tio vanligaste cancerformer i världen. I Sverige drabbas varje år drygt 1 200 personer av njurcancer. Det är en väldokumenterad cancerform som forskarna har stor kunskap om.
– Om cancern spridit sig, är sjukdomen mycket svår att behandla och prognosen dålig. Under de senaste åren har det dock visat sig att immunterapi fungerar rätt bra på njurcancer. Det är dock svårt att veta vilka patienter som svarar på de olika terapiformer som finns att tillgå, säger Håkan Axelson.
Håkan Axelsson har forskat på njurcancer i över femton år och hans forskargrupp bidrar med sin tumörbiologiska kompetens i KATY-projektet. Genom singelcellssekvensering får forskarna ut en stor mängd information om genuttrycket i varje enskild cell. På så sätt kan de bland annat identifiera olika celltyper, undersöka förändringar i genuttrycksmönster eller upptäcka genetiska variationer mellan olika celler. Sarah Schoch, är postdok-forskare och den som bearbetar och analyserar datan från sekvenseringen:
– Informationen som vi får ut bearbetas med våra franska samarbetspartners och hamnar, tillsammans med en mängd annan information i en stor ”datasjö” i Frankrike. Tillsammans med ytterligare patientinformation och vilken behandling som patienten får, hoppas vi att AI ska kunna hitta nya mönster för vilken sorts tumör som svarar bäst på vilka typer av immunterapier, säger Sarah Schoch.
På så sätt vill forskarna i KATY-projektet försöka skapa tydbara kartor till läkare och forskare i deras dagliga arbete. Detta blir förhoppningsvis ett verktyg för att förbättra möjligheten att utveckla precisionsmedicinen inom njurcancer i framtiden.
